Fiind așezată la granița dintre Novgorod și Suedia, Mănăstirea Valaam a fost distrusă de către suedezi în repetate rânduri. În secolul al XII-lea, zona Lacului Ladoga a fost invadată de suedezi (1163-1164). Aceasta se pare că a fost prima distrugere suferită de Mănăstirea Valaam. Moaştele Sfinţilor Serghie şi Gherman au fost purtate în grabă la Novgorod, departe de orice pericol, fiind readuse la aşezământul de pe insulă în 1182 şi ascunse, cu grijă, în pământ, de teama unei noi profanări a aşezării.

La data de 20 februarie 1578, suedezii atacă mănăstirea, omorând 18 părinți bătrâni și 16 ucenici: Tit, Tihon, Ghelasie, Serghie, Varlaam, Savva, Conon, Silvestru, Ciprian, Pimen, Ioan, Samon, Iona, David, Cornilie, Nifont, Atanasie, Serapion, Varlaam, Atanasie, Antonie, Luca, Leontie, Toma, Dionisie, Filip, Ignatie, Vasilie, Pahomie, Vasilie, Teofil, Ioan, Teodor și Ioan. Cu ajutorul țarilor ruși Feodor Ioannovici și Boris Godunov, mănăstirea a fost reconstruită, însă nu pentru mult timp. În anul 1611 aceștia au ars pentru ultima oară Mănăstirea Valaam, călugării acesteia fiind trecuți cu toții prin sabie. Insula va rămâne pustie până în anul 1715, când mănăstirea a fost reînființată de către Petru cel Mare.